至此整个行朝全部迁到了琼州，赵昺下旨放假三天，让众臣安排家事和众军进行休整。而这几天他也没有闲着，分别召见了琼州旧将，详细了解他离开后的各种情况。然后又请太后提议举行朝议，就行朝的人事和军事等紧要问题进行商讨。太后应允，却称病没有出席，下懿旨由陛下代为主持，只将议后的决议告之即可。
三月初一日，在大庆殿举行了行朝迁琼后的第一次大朝会。颁布诏令升琼州为府，作为大宋临时行在，管琼州和昌化军两州；同时改吉阳军为崖州府，领吉崖州和万安军。以江璆知琼州府，以蔡完义知崖州府，赵与珞升为户部侍郎。同时撤销琼州制置司，以文天祥为右相兼枢密院副使，应节严为参知政事，刘师勇为枢密院佥事。
同时对各军进行整编，原帅府军改为殿前侍卫亲军，下辖前、后、左、右、中，五军，兵额六万，仍以赵孟锦为都统；将行朝所属各军和勤王义勇皆归于殿前禁军，亦改编为五军，兵额四万，以江铭为都统。同时将各部水军统一遍为殿前水军，下辖白沙水军、澄迈水军和临高水军，及直属摧锋军、勇敢军，兵额四万万人，以刘洙为都统。
同时保留御前护军，兵额万人，以倪亮为都统。如此行朝共有兵力十五人，裁减的兵额暂归于转运司辎重军。另外成立皇城司，将原帅府的总计司、匠作司、修造所和事务局及护军侍卫营划入其中。入内侍省仍以王德为都知，窦兴为副都知，负责宫内一切事宜。而行朝各部及琼州各州县官员暂不做变动，仍各司其职。
诏令一下，朝廷上下都大松口气，因为早有流言传出，迁琼后陛下将对行朝官员进行清洗，换成潜邸旧臣。而陆相也在准备精减官员，以便减少财政开支，那样大批官员将会赋闲，因此到琼后人心浮动，惶惶不安，都在为自己谋求后路。因此上朝时大家是个个蔫头耷脑，提心吊胆，害怕回家之后就已经没了饭碗，可结果大出众臣意外，当然是无不赞陛下仁德。
按照宋朝惯例，在端午节应赐给百官夏服，完整的五件套包括“润罗公服、红罗绣抱肚、黄縠汗衫、小绫勒帛”，以及扇子两把，主要使用罗和绉纱两种夏季面料。夏日不得不穿着外套的时候，还可以贴身先穿上一件用细小单枝竹管串接成网状的竹衣，俗称“隔汗衣”入农历六月，最酷暑时，则换上“葛纱”，到了“葛衣期”。琼州不比临安，一年四季都是热的，太后体谅改惯例为三月三赐夏服。
紧接着赵昺又从总计司管辖的内藏库中拨出钱粮补发了朝廷所欠薪俸，抚恤历次战斗中阵亡的臣僚、军兵。而迁琼的官员都意外的发了笔小财，也在城中置地修宅。而他们同时也发现琼州并非过去所想的那样荒芜，穷苦，市场上物资丰富，价格低廉，且当地俚民也并非所想的那样动辄打家劫舍，粗鄙不堪，渐渐也都心安……
赵昺大把的钱撒出去，将好不容易积攒的家底都花去了大半，而剩下的钱却不敢再乱花，不仅要应付接下来的花销，还要修补战船，打造兵器，准备捞回老婆本。所以他将在船上的研究成果赐给陆秀夫，让其立刻遣人前往各处寻找事宜建造盐田所在，并将带回和缴获的战船选出堪用的进行改造，装配弩炮和火箭发射架，自己的社稷号也交由周翔的将作监进行整修。
另一方面，赵昺又让修造所在靠近东宫墙外的空地上修建了个小四合院，并开了个直通东宫的角门，作为‘经抚房’的办公用地。此处距离前朝两府的朝房也不远，走着也用不了十分钟。但是他考虑经抚房的名称已经被王黼搞臭了。而贾似道也成立过类似的机构‘机速房’名声也不大好，其只由贾似道一人署理，下设僚佐两名，由贾似道的亲信许自、家铉翁担任，总理全国的军政大事。
它们的设立都是由于当时处于战争年代，军情压倒一切，所以机速房的实权已经凌驾于相府、枢密院之上，成为国家最高决策部门，可见两位皇帝批准设立这种特权机构的举措，当属两宋的重大行政改革，只可惜所带来的效果实在令人不敢恭维，总会让朝臣们不时想起大宋两个最为黑暗的时代。赵昺想想还是叫‘军机处’最为恰当，虽然也是剽窃后人的，但自己这个时候先用上了，那雍正再用就是山寨自己的。且这个名字比经抚房和速机房都要收敛些，让人一听就是处理军机要务的机构，也会让陆秀夫等人心中好过些。
而赵昺所处的情形比之雍正还要险恶，那时其应对的只不过是准格尔叛乱，对清朝来说只不过是癣疥之疮，可其仍认为军情如火，需立即处理，且必须保守秘密。不过清承于明制，决策权在国家行政中心的内阁手中，而内阁设于紫禁城太和门外的文渊阁附近，而雍正皇帝在养心殿处理政务、就寝，两者相距一千余米。宫禁重重，手续繁多的处理流程，极易延误时机；而军报到京，先经内阁，也容易泄露机密，其也需要一个密近的处理紧急军情的机关。
现在大宋政权早已崩溃，只剩下一帮残兵败将，可赵昺还未亲政，更无法完全掌控朝政，若是军务皆经朝议后执行，不但晚了八村，更无法保守机密。且琼州和大陆只隔一条海峡，根本没有防御纵深，再一旦失去先机，那就是死局，所以无论如何都要把军事决策权抓在手里。而‘前人’的实践已经给赵昺提供了可借鉴之处，‘